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ProgrammaIl corso si compone di due gruppi di lezioni. Il primo gruppo consiste in lezioni dedicate alla descrizione dei principali tipi di “Marcatori Molecolari” comunemente utilizzati nelle analisi del DNA.
Verranno illustrati i protocolli più utilizzati e i problemi ad essi associati. Attraverso la discussione di casi di studio verranno forniti esempi delle principali applicazioni dei marcatori molecolari (costruzione di mappe genetiche, fingerprinting, identificazione e clonaggio di geni responsabili di malattie, “marker-assisted selection” e “association mapping”, applicazioni forensi).
Nella seconda parte del corso verrà affrontato il discorso delle analisi genomiche, al fine di fornire le adeguate conoscenze per comprendere che cosa è un genoma e quali sono le sue caratteristiche in vari tipi di organismi. Verranno inoltre discusse le principali tappe dell’analisi dei genomi (la produzione di mappe genetiche, la produzione di mappe fisiche, il sequenziamento, il processo di annotazione). Verranno proposti casi di studio relativi al sequenziamento del genoma in organismi modello. L’analisi e la discussione dei casi di studio consentirà anche di integrare le conoscenze teoriche sui marcatori molecolari nel contesto dell’analisi genomica.
The course is organized in two groups of lectures. The first group is focalized on “Molecular markers” and will give an overview of the most popular molecular markers used for DNA analysis. Protocols and associated problems will be described. Case studies will be described and discussed in order to give some examples of the main applications of molecular markers (genetic mapping, fingerprinting, marker-assisted selection, association mapping, locating and cloning genes for important traits, forensic sciences, positional cloning of disease genes). The second group of lectures will regard genomic analysis, in order to provide the knowledge about the characteristics of a genome in different types of organisms. The main steps of genomic analysis will be discussed (genetic mapping, physical mapping, genome sequencing, and annotation)
Case studies will be discussed about genomic characterization in model organisms. The discussion of case studies will allow the students to understand how molecular markers can be useful in genomic analysis.
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Testi consigliati e bibliografia Libri di testo
Brown TA, “Genomi” Edises (cap 1-9)
Greg Gibson and Spencer V. Muse,"Indroduzione alla Genomica" - Zanichelli (cap. 1,2,5)
Lewin B, et al. “ Il gene” Zanichelli (seconda edizione compatta 2011) ( cap. 4, 5, 23)
Barcaccia, Falcinelli "Genetica e Genomica" vol III cap 17,18 Cap 20 (come approfondimento)
Approfondimenti
-Wang D.G, Fan J.B., Siao C.J., Berno A., Young P., Sapolsky R., Ghandour G., Perkins N., Winchester E., Spencer J., Kruglyak L., Stein L., Hsie L., Topaloglou T., Hubbell E., Robinson E., Mittmann M., Morris M.S., Shen N., Kilburn D., Rioux J., Nusbaum C., Rozen S., Hudson T.J., Lipshutz R., Chee M., Lander E.S. Large-scale identification, mapping, and genotypimg of single-nucleotide polymorphisms in the human genome. Science. 1998, 280: 1077-1082
-Rafalski A. Applications of single nucleotide polymorphisms in crop genetics. Current Opinion in Plant Biology. 2002, 5:94-100
-Morgante, M., and A.M. Olivieri. PCR-amplified microsatellites as markers in plant genetics. Plant J. 1993, 3:175-182.
-Hunt D.J., Parkes H.C., Lumley I.D. Identification of the Species of Origin of Raw and Cooked Meat Products Using Oligonucleotides Probes. Food Chem. 1997, 60: 437-442
-Gupta P.K., Roy J.K., Prasad M. Single nucleotide polymorphisms: a new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism detection with emphasis on their use in plants. Curr.Sci. 2001, 80: 524-535
-Andersen J.R. and Lübberstedt T. Functional markers in plants. Trends in Plant Science. 2003, 8 (11): 554-560 |
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