Bioinformatica

Anno accademico 2014/2015

Obiettivi formativi del corso

Obiettivo principale del corso è l’acquisizione di metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database di sequenze, domini e caratteristiche funzionali. Partendo da sequenze primarie di acidi nucleici o proteine è infatti possibile ipotizzarne la funzione, la storia evolutiva, la struttura e la localizzazione. Gli strumenti utilizzati per raggiungere questi obiettivi sono i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione.

Risultati dell'apprendimento

Conoscenza e comprensione.

Gli studenti potranno acquisire una conoscenza dei metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database di sequenze e di domini, ed una buona familiarità con i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione

Capacità di applicare conoscenza e comprensione.

Attraverso le esercitazioni guidate, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare lo studio di nuove sequenze biologiche, ipotizzandone la funzione, la storia evolutiva, la struttura e la localizzazione

Attività di supporto

Il corso è organizzato in lezioni che prevedono una base teorica affiancata a esercitazioni in aula di informatica per l’apprendimento dell’uso di programmi di analisi e visualizzazione dei risultati.

Le esercitazioni saranno la base dell’esame, che verrà condotto sotto forma di presentazione dei risultati e domande sulla parte teorica.

Programma

Lezioni teoriche

1. Informazioni biologiche e banche dati biologiche.

2. Allineamenti e misure di similarità. Allineamenti a coppie locali e globali. Matrici di sostituzione e punteggi di allineamento.

3. Metodi per la ricerca di sequenze in database.

4. Allineamenti multipli di sequenze proteiche e il loro uso per l’inferenza funzionale e strutturale.

5. Creazione di pattern e profili da allineamenti multipli. Ricerca in database di profili, domini e motivi.

6. Predizioni biochimiche-strutturali di proteine. Predizione della localizzazione intracellulare. Profili di idrofobicità e topologia di proteine ​​di membrana.

7. Evoluzione molecolare, filogenesi.

8. L’era della genomica: annotazione funzionale su scala genomica

9. Classificazione funzionale delle proteine: gene ontology, pathway, network

10. Interpretazione funzionale di dati derivanti da esperimenti condotti su larga scala (trascrittomica, chemogenomica…)

Lezioni applicate

1. Progettazione di oligonucleotidi da utilizzare in PCR

2. Analisi approfondita di sequenze proteiche

3. Interpretazione funzionale di dati derivanti da esperimenti condotti su larga scala 

Testi consigliati e bibliografia

“BIOINFORMATICA”,  TRAMONTANO Anna, Ed. Zanichelli

“INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA”,  VALLE Giorgio-HELMER CITTERICH Manuela-ATTIMONELLI Marcella-PESOLE Graziano, Ed. Zanichelli

Orario lezioni

Appelli

	Data	Ore	Esame
	25/02/2016	10:00	Orale
	11/02/2016	10:00	Orale
	24/09/2015	10:00	Orale
	10/09/2015	10:00	Orale
	09/07/2015	10:00	Orale